请教一下，我从布达佩斯入境，然后取车去斯洛文尼亚、克罗地亚、去杜布洛尼科夫会过境波黑，然后折返回来去维也纳，最后回布达佩斯还车，这样是申请申根两次就可以吗？

一次就行吧。一次申根签在有效期内可以多次往返入境出境吧。我这次从荷兰入境租车，先去的比利时再回荷兰，再经过比利时去的法国，又回到荷兰还车。就一次申根签。